激動の幕末期である安政元年。長州藩の牢獄“野山獄”に、江戸から一人の男が護送される。彼の名は吉田寅次郎、後の吉田松陰。国外密航を企て、野山獄に幽閉されたのだ。寅次郎は、すっかり荒んでいた野山獄の囚人たちと、積極的に関わろうとした。始めは疎んじていた囚人たちだったが、常に前向きな寅次郎の姿に影響され、次第に心を動かされていく。野山獄唯一の女囚・高須久も、そんな寅次郎の言葉に救われて、閉ざしていた心を少しずつ開いてくのだった。

　おでこにマイマイ（つむじ）を持つ少女"新子"は、おじいちゃんが話す"千年前"の自分の町（山口県防府市国衙）を、いつも現在の世界に重ねて思い描いていた。そんなある日、東京から転校生"貴伊子"がやってくる。新子と貴伊子は次第に仲良くなり、友人たちと一緒にダム池を作る遊びを始める。そのダム池へやってきた赤い金魚に、大好きな先生と同じ"ひづる"と名前をつけ、みんなでかわいがっていた。しかし、あることがきっかけで金魚が死んでしまい、仲間たちとの絆にもひびが入り始め……。

　攘夷の嵐が吹き荒ぶ、文久年間。ひたすらに外国人を斬るべしとの攘夷のあり方に疑問を抱いた志道聞多は、伊藤俊輔と共に佐久間象山を訪ねた。そこで敵である西欧の技術を習得する必要性を説かれた彼は、突き動かされるように藩に願い出て、5年の留学を黙認されることになった。"生きたる機械"となって、必ず長州に戻ってくる。聞多の志に集った山尾庸三、野村弥吉、伊藤俊輔、遠藤謹助の4名は、彼と決死の覚悟で国禁を犯し、ついにロンドンに辿り着いた。先進国の強大な国力に驚嘆し、日々勉学に励む5人。しかしそんな彼らに、長州藩による英国艦隊砲撃の報がもたらされ……。

　甲子園の優勝投手・並木浩二は、肩を痛めてエースの座を失うが、野球への情熱が消えることはなく、新しい変化球＝魔球の完成に復活をかけていた。しかし、時代は戦争へと突き進んでいく。家族、友、そして恋人とも別れて海軍に志願した並木は、敵艦に体当たりして自らの命と引き換えに戦果を得る、人間魚雷“回天”に乗って特攻という任務を選択する。そしてついに出撃のとき。生きるとは？　死ぬ意味とは何か？　野球に打ち込んだ日々や、大切な人を思い浮かべながら自問する。